Kabupaten Tojo Una-Una memiliki wilayah geografis yang terbentang pada 00 06 56 sampai 020 06 41" dan 121 05 25 sampai 123 06 17. Namun bila ditinjau dari letak astronomis estimasi panjang wilayah Kabupaten Tojo Una-Una yang membujur antara 121 05 25 dan 123 06 17 BT mencapai 212 Km, sedangkan lebarnya yang melintang pada koordinat 00 06 56 dan 020 01 41 LS diperkirakan mencapai jarak sekitar 89 Km.

Berdasarkan posisi di permukaan bumi dan batas wilayah toritorial Kabupaten Tojo Una-Una terletak pada pesisir pantai yang terletak di perairan Teluk Tomini dan kawasan lainnya meliputi kawasan hutan dan lembah pegunungan. Sedangkan dalam wilayah toritorial Kabupaten Tojo Una-Una berbatasan langsng dengan batas-batas wilayah lainnya, seperti sebelah Utara berbatasan langsung dengan dengan Teluk Tomini, Provinsi Gorontalo dan Provinsi Sulawesi Utara, kemudian di sebelah Selatan berbatasan langsung dengan Kabupaten Morowali Utara, sedangkan untuk sebelah Timur berbatasan langsung dengan Kabupaten Banggai dan di sebelah Barat berbatasan dengan Kabupaten Poso.

Morfologi pegunungan ditunjukan oleh adanya tonjolan-tonjolan yang kasar dan berlereng terjal. Kemiringan lereng di Kabupaten Tojo Una-Una dapat diklasifikasikan antara lain, untuk kemiringan 0-2% atau datar landai, tersebar diseluruh wilayah khususnya kecamatan Ampana Kota dan Kecamatan Ratolindo (hal ini sangat baik untuk dijadikan daerah permukiman dan berbagai jenis usaha), selain itu untuk kemiringan 16-40% atau miring agak curam, tersebar di seluruh kecamatan (penggunaan tanah dengan kemiringan demikian cukup rawan dan kurang baik untuk budidaya pertanian), dan kemiringan di atas 40% merupakan bagian terluas dari wilayah Kabupaten Tojo Una-Una (kondisi tanah tersebut sangat potensial terkena erosi).

Wilayah kabupaten Tojo Una-Una terdiri atas wilayah daratan dan wilayah kepulauan dengan luas wilayah daratan 5.722 km2 dan luas laut 3.566,21 km2 dengan panjang garis pantai + 951,115 km. Dimana wilayah daratan terdiri dari enam kecamatan yang sebagian besar merupakan wilayah pesisir pantai, yakni kecamatan Tojo Barat, kecamatan Tojo, kecamatan Ulubongka, kecamatan Ampana Kota, kecamatan Ratolindo, dan kecamatan Ampana Tete. Sedangkan wilayah kepulauan terdiri pula atas enam kecamatan, yakni kecamatan Batudaka, kecamatan Una-Una, kecamatan Togean, kecamatan Talatako, kecamatan Walea Kepulauan, dan kecamatan Walea Besar. ke enam kecamatan kepulauan tersebut mempunyai gugusan pulau-pulau nan eksotik berjumlah sekitar 81 pulau yang sudah mempunyai nama dan 41 pulau diantaranya sudah berpenghuni.

Klimatologi kabupaten Tojo Una-Una dipengaruhi oleh dua musim yang tetap, yakni musim barat dan musim timur dengan iklim tropis, curah hujan untuk wilayah kabupaten Tojo Una-Una berkisar 1.200-4.100 mm/tahun dan temperaturnya berkisar 17-30 oC, sedangkan kelembapan udara antara 74%-82% dengan kecepatan angin berkisar 3-6 knot. Curah hujan yang terjadi di wilayah kabupaten Tojo Una-Una sangat bervariasi.